西安交通大学第一附属医院儿童内科是集医疗、教学、科研为一体的多亚专业学科紧密合作的特色学科，是西北地区儿童疑难病、罕见病诊治的主要单位之一，在西北地区具有较高影响力。目前开设专业床位50余张，亚专业学科包括：儿童神经重症、血液肿瘤、肾脏内分泌遗传代谢及呼吸疾病。配备有呼吸机、支气管镜、血液灌流机、脑电监测仪、层流床、肺功能仪等设施。

本专业不仅拥有众多德高望重，经验丰富的老专家、老教授，还有一批近年来脱颖而出，掌握高精尖技术，年轻有为的博士和硕士青年专家。近年来先后承担国际合作项目4项、国家自然科学基金6项、省部级科研项目12项，获得省部级科研成果4项，在全国享有较高学术地位。出版各类专著15部。每年培养硕士研究生6-10名，并为全国各地医院培养了大批进修医生，也为陕西及西北地区广大基层医院提供了疑难病会诊及技术指导。

神经重症亚专业：在20世纪70年代中期就开始了小儿神经专业临床诊疗及研究。80年代中期即购买脑电图机，开展脑电监测，儿童癫痫的诊断水平明显提高。2001年开始做儿童神经发育的评估，后完善了神经系统疾病的系列检查及治疗，包括0-18岁儿童运动及智能发育评估，生物反馈治疗多动症、注意力缺陷、学习困难、语言落后、情绪障碍等，儿童多动症诊断测试及多动症的治疗，脑损伤后的评价和康复治疗。先后开展视频脑电监测、抗癫痫治疗血药浓度监测，现建立了以联合神经外科、神经电生理、神经影像、分子诊断、精神心理学、药学、重症等多学科参加的国家级癫痫综合诊治中心，形成了标准化管理流程与运行模式。在神经系统罕见病诊治中也积累了丰富经验。为陕西省医学会儿科分会神经学组组长单位、中国抗癫痫协会常务理事单位、西北儿科联盟儿童罕见病学组副组长单位、陕西省抗癫痫协会常务理事兼儿童神经系统疾病与癫痫专委会副主委单位。

血液肿瘤亚专业：20世纪70年代中期就开始了小儿血液/肿瘤专业临床诊疗及研究。80年代后期在全国率先开展了去甲氧柔红霉素联合治疗儿童难治性急性淋巴细胞白血病的研究。1993年始有儿童骨髓室。1995年起开展了针对大剂量甲氮蝶呤的毒副作用研究，进行了静脉双通道治疗策略。2004年起协助药剂科在陕西省率先开展了甲氮喋呤血药浓度监测。现诊断治疗包括血液系统少见病罕见病，开展了造血干细胞移植治疗儿童肿瘤、再生障碍性贫血、免疫缺陷病等；个体化治疗儿童白血病；药物基因指导白血病治疗等。小儿白血病诊断治愈率达到了国内先进水平。已开展骨髓细胞形态、流式细胞术、染色体细胞遗传技术和FISH分子基因诊断技术等血液肿瘤疾病先进诊断技术，收治大剂量肿瘤化疗患儿、移植患儿和难治性血液系统疾病患儿。现为陕西省抗癌协会小儿血液/肿瘤专业副主委单位。

肾脏内分泌亚专业：儿科肾脏专业于1981年独立设置专业床位，重点研究小儿难治性肾病、急性肾小球肾炎、IgA肾病、过敏性紫癜等病种，采用中西医结合治疗成为儿科治疗肾脏疾病的特色之一并取得骄人的成绩，先后获得陕西省人民政府科技进步三等奖、陕西省中医药科技进步二等奖、陕西省中医药科技进步二等奖。90年代以后增加了遗传性肾病的治疗；2007年完成了首例儿童肾穿。2008年开启西北首例血液灌流治疗方法用于过敏性紫癜及急性中毒的治疗；在肾脏病诊疗基础上逐渐关注慢性病患儿生长发育的进展及进行规范化治疗。拥有成熟的儿童肾脏疾病的病理和分子诊断技术，形成完善的随访和管理体系。在儿童生长发育疾病（如矮小、性早熟）、肥胖（高血脂、脂肪肝、高尿酸、代谢综合征等）方面建立了系统化的临床诊治体系，成为矮身材专项定点医院。为陕西省医学会儿科分会内分泌学组组长单位、陕西省保健学会副主委单位。

呼吸亚专业：20世纪70年代开始小儿呼吸专业临床诊疗及研究，90年代开始在国内较早开展呼吸道合胞病毒下呼吸道感染、肺炎支原体下呼吸道感染免疫学发病机制研究，获得陕西省教委科技进步二等奖、陕西省科学技术三等奖。1998年开展呼吸道病原学检测指导临床。2006年开展过敏原检测。2012年开展儿童常规通气肺功能和潮气呼吸肺功能检测。先后开展呼出气一氧化氮、支气管镜检测技术。开设儿童哮喘、慢性咳嗽专病门诊，先后开展哮喘标准化治疗、免疫治疗及生物靶向治疗。2019年、2021年挂牌中华医学会儿科分会呼吸学组“儿童哮喘标准化门诊”、“儿童哮喘标准化门诊区域示范中心”。较早在西北地区开展过敏性疾病的特异性免疫治疗，配有支气管镜、肺功能室(包括常规肺通气肺功能、婴幼儿潮气肺功能、支气管舒张试验、呼出气一氧化氮)、雾化治疗室。为陕西省医学会儿科分会呼吸学组副组长单位、西北儿科联盟儿童呼吸学组副组长单位。